L'Ecomuseo dei Monti Climiti è nato grazie alla collaborazione tra il Cutgana (Centro interfacoltà dell'Università di Catania) ed il Comune di Melilli ed è ospitato proprio nei locali del Palazzo Municipale dell'ente melillese. Attivato nel 2003, l'Ecomuseo dei Monti Climiti svolge attività rivolta alla realizzazione di iniziative e materiali finalizzati alla divulgazione naturalistica e culturale antropica, nonché alla educazione al rispetto dell'ambiente. Al suo interno sono esposte le testimonianze naturalistiche e culturali dell'area iblea con particolare riferimento al territorio delle aree protette del siracusano affidate in gestione al Cutgana (Complesso Speleologico Villasmundo - S. Alfio, Grotta Palombara e Grotta Monello).
E' aperto agli alunni delle scuole di ogni ordine e grado, agli studenti universitari, ai docenti e ai visitatori per approfondire le conoscenze sulle risorse naturalistiche del territorio ibleo con una esposizione di campioni di rocce e di fossili. Il diorama degli ambienti mediterranei si compone di diverse parti che interessano gli aspetti geologico, floristico e faunistico del territorio Ibleo, di cui Melilli è parte integrante. L'Ecomuseo, punto di riferimento per le visite guidate nelle riserve e per tutti i luoghi di interesse naturalistico del territorio melillese, è dotato di una sala di proiezione multimediale, una biblioteca scientifica, totem informativi e di un centro informazione e documentazione. Il settore dedicato al mare espone centinaia di campioni di conchiglie e alghe.
