Il Cutgana gestisce le seguenti aree protette:
- Riserva Naturale Integrale "Complesso Immacolatelle e Micio Conti"
- Riserva Naturale Integrale "Complesso speleologico Villasmundo – S. Alfio"
- Riserva Naturale Integrale "Grotta Monello"
- Riserva Naturale Integrale "Grotta Palombara"
- Riserva Naturale Orientata "Isola Bella"
- Riserva Naturale Integrale "Isola Lachea e Faraglioni dei Ciclopi"
- Riserva Naturale Orientata "Vallone di Piano della Corte"
- Area Marina Protetta "Isole Ciclopi" (in consorzio con il Comune di Acicastello)